1945年11月6日，军政部、军令部、外交部、司法行政部等联合组织战争罪犯处理委员会，负责对日本战犯的审判处理工作（1946年6月国防部成立后，此项工作由国防部主持）。因为蒋介石提出对日“以德报怨”政策，因此对日本战犯的处理亦较为宽大。1946年10月25日，战犯处理委员会举行对日战犯处理政策会议，决定“对日应高瞻远瞩，处理战犯宜从大处着眼，不必计较小节”。根据此项原则，决定除对与南京及其他各地之大屠杀案有关的重要战犯应从严处理外，对日本普通战犯的处理，应以宽大、迅速为主；若无重大罪证者，予以不起诉处分，释放遣送返日。1947年10月15日，停止对日本战犯的检举；当年底，基本结束对战俘的审判，撤销各地军事法庭；1948年7月，战争罪犯处理委员会解散；1949年4月，国防部战犯审判军事法庭最后结束。到1947年底，各军事法庭共判处日本战犯有期徒刑167人，无期徒刑41人，死刑110人（其中将官6名，校官4名，尉官21名，士兵44名，其他35名）。被判死刑的战犯中，最为中国人民所切齿痛恨者，为南京大屠杀的直接责任者、前日军第六师团师团长谷寿夫。1947年3月10日，国防部军事法庭以谷寿夫将“残酷行为加诸徒手民众与夫无辜妇孺，穷凶极恶，无与伦比，不仅为人类文明之重大污点，即揆其心术之险恶，手段之毒辣，贻害之惨烈，亦属无可矜全”，判处谷寿夫死刑，并于4月26日在南京执行。由于“以德报怨”的对日政策，日本战犯在战后中国所受的处罚，与他们在中国犯下的罪行相比，量刑偏轻，多数高级军官并未被追究责任。前日本中国派遣军总司令冈村宁次，因为在接收期间遵从国民党的指令，使国民党军队顺利受降而被从轻发落。1949年1月26日，军事法庭判决其“既无触犯战规，或其他违反国际公法之行为，依法应予谕知无罪，以期平允”。30日，冈村宁次以及仍在上海战犯监狱被关押的全部日本战犯被遣送回日本。