后来，参政李若谷被罢免，有人对他说：“你为什么不学杨愿大人呢？如果能学一学他，也许你会留下的。”李若谷是河北人，耿直有正义感，他听这话，愤怒地说道：“即使打死我，也哭不出那假惺惺的眼泪。”秦桧听说大怒，立即把他贬到了江州（今江西九江）。
秦桧有一次因病没有上朝，朝中只有余尧弼受命辅佐，皇帝曾经询问他一些机密事务，余尧弼有些事回答不上来。后来，秦桧病愈后朝见皇上，高宗有些责备地对他说：“余尧弼既然也参与朝政，一些机密事务也应该让他知道。”
退朝后，秦桧拉着余尧弼问：“前几天皇帝都问了你一些什么事？”余尧弼少了个心眼，就一一告诉了他。秦桧命人把公文取来看了一遍，发现都已由余尧弼签阅过了。于是，他气愤地质问道：“你既然已签了字，为什么又在皇帝面前说不知道呢？是不是故意出卖我？”余尧弼想申辩，秦桧不理。第二天，秦桧便上书皇帝，余尧弼便被解除了职务。
段拂这个人年轻时稀里糊涂。有一天，秦桧在殿前上奏的时间有点长，段拂没有集中精力，便垂头打起盹来，这当然是对皇帝的不敬，但秦桧更觉得是对自己的不敬。秦桧退下来后，他才睡醒。他既窘迫又害怕，皇帝倒没有责怪他，还安慰他，并询问他老家在什么地方。