当时载淳年幼，“同道堂”印就落在生母慈禧皇太后手中，这为素有政治权欲的慈禧临朝预政提供了契机。1861年11月她拉拢慈安皇太后，联合恭亲王奕欣，于咸丰帝死后不久发动了辛酉政变，将辅政大臣斩首抄家，解职戍边，彻底肃清了政敌。
她们携载淳到养心殿东暖阁，正式垂帘听政，设两太后宝座在皇帝宝座之后，中间以八扇黄屏风隔开。为使此举更具合法性，恭亲王等人还制定了《垂帘章程》。但同治帝亲政不及两年，就因病而死。因无子嗣位，慈禧再次玩弄政治手段，选择同治帝年幼的叔伯兄弟载湉继位，使两宫皇太后二次垂帘终得以实现。
1881年慈安皇太后暴死，只剩慈禧一人垂帘听政。光绪帝成年亲政后，支持戊戌变法，尝试以康有为等人为首的资产阶级改良派发起的一次改良运动，目标为改变清朝祖制成法，因而遭慈禧等顽固派的忌恨。1898年9月21日，慈禧太后等人发动戊戌政变，将光绪帝被幽禁于中南海瀛台，随即杀害策划维新变法的“戊戌六君子”，并通缉康有为和梁启超，罢免维新官员，戊戌变法彻底失败。解除了光绪帝的皇权后，慈禧再次临朝10年，称为“慈恩训政”，直至去世为止。慈禧通过垂帘听政之途，操纵同治、光绪两朝皇帝，掌握清朝朝政达47年之久。