玄既入京称诏戒严，自为丞相，总百揆，都督中外、录尚书事、扬州牧。复让丞相而为太尉，以兄弟桓伟为荆州刺史，桓修为徐、兖刺史，桓石生为江州刺史，卞范之为丹阳尹，王谧为中书令。徙会稽王道子于安成郡，斩元显、尚之、庚楷、张法顺十余人。以刘牢之为会稽内史。牢之惊曰：“如尔，便夺我兵，祸其至矣！”子敬宣劝牢之袭玄，牢之犹豫。告刘裕曰：“今当北就高雅之于广陵，举兵以匡社稷，卿能从我乎？”
裕曰：“将军以劲卒数万，望风降附，彼新得志威震天下，朝野人情，皆已去矣。广陵何得至耶？裕当反服，还京口耳。”
退谓无忌日：“吾观镇北，祸必不远。卿可随我还京口，玄若守臣节，当与卿事之；不然当与卿图之。”于是牢之大集僚佐，议据江左以讨玄。参军刘裕曰：“事之不可来，莫大于反，将军往年，反至兖州，近日反司马郎君，今复反桓玄，一人三反，何以自立？”语毕趋出，佐吏各散走。牢之惧擒，率部曲北走至新洲，自缢而死。