斐迪南是极端仇视新教势力的天主教徒，他上任后，立即破坏并欲取消德皇鲁道夫二世在大诏书中允诺的信仰自由政策，着手打击和迫害波希米亚的新教势力。作为对此暴政的迅速反应，愤怒的新教贵族代表于1618年5月23日在布拉格召开的波希米亚等级会议上，严辞斥责了几位皇家委派的官吏，并将他们掷出会议厅的窗口，以示对斐迪南和帝国中央政权的抗议。“布拉格窗口事件”，遂成为30年战争的触发点。而这场战争的最初阶段，即是在波希米亚地区进行的，史称“波希米亚战争时期”(1618-1623年)。
布拉格窗口事件发生之后，波希米亚新教贵族紧接着在1618年6月实行了一系列重要措施。即宣布废除斐迪南的波希米亚王位，驱逐天主教耶稣会团体成员，召集民兵组建军队，以及谋求德意志境内的新教诸侯势力和英、法、荷等外国势力的军事支持。
1619年起，波希米亚起义军在新教贵族领导下攻人奥地利并向维也纳方向推进。同年8月26日，波希米亚等级会议宣布选举德意志新教联盟的首领、普法尔茨选帝侯弗雷德里克五世为新国王，彻底否认了斐迪南对波希米亚的统治权。但事隔两天之后即8月28日，德皇马蒂亚斯的猝然病逝却给了斐迪南一个执掌权力的好机会。依照马蒂亚斯的遗嘱在法兰克福的帝国会议上，斐迪南当选为神圣罗马帝国的皇帝。而在名义上，他依然兼任波希米亚国王÷斐迪南即位后，便谋求德意志天主教联盟的军事支持以迅速镇压波希米亚起义。为此他做出将把普法尔茨的选帝侯资格转让与天主教联盟首领巴伐利亚公爵的许诺，天主教联盟则答应派出25 000人的军队听候皇帝调遣。与此同时，波希米亚起义军方面也很快得到了德意志新教联盟以及荷兰、英国和萨伏依王国的军事和经济支持，使其一度在奥地利东面的军事行动中有所进展。但问题的严重性在于，波希米亚主要依靠的新教联盟其内部是分裂涣散的。具有最强实力的萨克森王国为从帝国政权手中获得更大的地盘，已单方私下同德皇达成妥协，联盟的首领普法尔茨选帝侯也在关键时刻表现出犹疑和软弱。这种不利因素很快在战争中反映出来。