从1926年12月13日临时联席会议成立，到1927年9月20日宁、汉、沪三方合流，武汉国民政府存在的时间只有9个多月。这9个多月大致可以划分为三个阶段：
从1926年12月13日联席会议成立至1927年3月10日国民党二届三中全会召开，为武汉国民政府的初期。这一阶段，因迁都之争，蒋介石以南昌为中心，与武汉形成对峙。武汉方面以临时联席会议代行最高职权，南昌方面以中央政治会议行使最高权力，双方形成分庭抗礼之势，但国民政府在名义上是统一的。
从1927年3月10日二届三中全会召开至1927年4月18日蒋介石在南京建立国民政府，是武汉国民政府的全盛时期。这一阶段，南昌的分庭抗礼局面已经结束，而南京的分裂局面尚未形成，国民政府的辖区名义上发展到15个省市。