由于何祚庥在自然科学和社会科学两方面的成就，被称为“两栖院士”。《中国科学技术前沿》、《宇宙》、《复杂性中的思维》、《一万个世界之谜》、《中华谜典》、《宇宙的起源》、《宇宙的最后三分钟》、《人类的起源》、《伪科学曝光》这类书自然是他经常翻阅的，也是必不可少的知识补给站。除此之外，何祚庥对历史以及历史人物感兴趣的程度也不亚于他对自己专业的研究。《前汉演义》、《后汉演义》、《雅史通俗演义》、《中国通史故事》、《1895～1995世纪档案》、《胡适自传》、《四大才女之蔡文姬》、《姚雪垠传》、《末代皇后和皇妃》、《康生外传》等书籍他都通读过。
何祚庥对“红楼”有着高度兴趣。他的书架上有很多关于《红楼梦》的著作：《红楼梦》、《红楼梦新证》、《红楼梦补》、《续红楼梦》、《红楼解梦》、《红楼梦大辞典》等。