这种情况下，光绪皇帝两次召见袁世凯，授予侍郎；谭嗣同更是密访袁世凯，劝他杀荣禄，举兵救驾。
但袁世凯出于自身利益的考虑，出卖了维新派和光绪帝，把这件事报告给了荣禄。荣禄当即下令封锁进京的重要道路，没有他的命令不允许任何军队擅自进北京。
接着，他连夜向慈禧报告了此事。这天深夜，当慈禧听完荣禄的报告后，是大惊失色，她做梦也不会想到，平日一贯唯唯诺诺的光绪皇帝胆敢这样做。看来是她采取行动的时候了。
1898年9月21日凌晨，慈禧太后突然从颐和园赶回紫禁城，坐镇皇宫，指挥政变。
这日清晨，光绪批阅完奏折后，走出大殿。等在门外的侍卫、太监及御林军迎上来说道：“奉太后老佛爷之命，请皇上驾临西苑。”
光绪乘轿到达西苑，即瀛台，从此便被囚禁在这里，失去了自由，过起囚徒般的生活。
接下来，慈禧发布训政诏书，再次临朝“训政”，“戊戌政变”成功。
戊戌政变后，慈禧太后下令捕杀在逃的康有为、梁启超；逮捕谭嗣同、杨深秀、林旭、杨锐、刘光第、康广仁、徐致靖、张荫桓等人。
9月28日，在北京菜市口将谭嗣同等六人杀害；所有新政措施，除7月份开办的京师大学堂外，全部都被废止。
从6月11日至9月21日，进行了103天的变法维新，以戊戌政变宣告失败。
