除两党联席会议外，中共党员还参加了国民党中央、国民政府各部和各省政府的工作。谭平山当选为国民党中央常务委员会委员、中央政治委员会委员、中央政治委员会主席团委员、国民政府委员和国民政府农政部部长；吴玉章当选为中央常务委员会委员、中央政治委员会委员和国民政府委员；林祖涵当选为中央政治委员会委员；苏兆征当选为国民政府劳工部部长。按照张国焘的说法，二届三中全会后，国共关系由国民党党内的合作，进展到了在国民政府中的合作。这是国共关系的一个重要演变。而导演这一幕的人是鲍罗廷。鲍罗廷的目的是要将国民党左派、各军首领以及中共领导下的工农势力，组合成一个反蒋战线。在当时局外人的观察中，由于鲍罗廷与中共党人在武汉政府中发挥了举足轻重的作用，武汉政府被视为国共联合政府。
不过，在武汉政府的最高决策机构中，对中共所发挥的实际影响也不能作过高的估计。如共产国际代表罗易在1927年4月18日致共产国际执委会的报告中即认为：在目前形势下，“涉及革命未来的决定是由国民党作出的，共产党不可能成为反对党，特别是当共产党参政的时候。因此，共产党必须接受国民党的一切决定。这就使共产党成了国民党的附庸，有碍于它的发展”。罗易甚至认为共产党已经丧失了政治独立性。在他看来，国共两党联席委员会没有给中共带来有益的作用，相反给国民党提供了一个使共产党人服从国民党政策的机会，共产党人常常在毫无准备、没有党的指示的情况下出席这样或那样的联席会议，导致联席会议将一些关系到革命前途的重大政治问题的决定强加给了共产党。罗易的说法虽有夸大其词的成分，但也具有相当的事实基础。据张国焘回忆，国共两党联席会议到后期逐渐流于谈话会的性质，往往是汪精卫在那里叙述一些工农运动过火的事实，再由健谈的陈独秀起而唱和一番，加以若干轻描淡写的答辩而已。应该说，中共在武汉时期的影响，主要表现在湘、鄂、赣三省的地方组织和工农运动之中。