方孝孺曾从学于宋濂六年，为其得意门生，但他的思想倾向却与乃师不同。他尊崇和维护朱学，主张格物致知，反对心学那套注重心悟的做法，认为是受佛教异说的愚弄。他针对当时学界由于偏重道德修养，空谈性命而不务实的风气，强调君子学道当有“经世宰物”之心，要修身、齐家、治国、平天下一以贯之，所以他不大讲天道自然观，以为“理”本之于天，无须论证。他对社会控制问题十分重视，为了保持社会的和谐稳定，他企图以《周官》为模式来改造社会，反对君主专制，重视伦理教化的功能。
曹端，学者称月川先生，其学不由师传，皆自学所得。他沿袭朱熹的观点来解释周敦颐的《太极图说》，谓“太极，理之别名”。理是万物之源，是万物的主宰，理与气的关系是理驭气。但是他又不赞同朱熹把太极与气之动静、理与气看成是二物的说法，强调理与气“浑然而无间”、“理气未尝有异”，理气一体，这说明他从维护朱熹的理本论出发，力图弥补朱熹在理气关系阐述中的不完善之处。尽管如此，但理与气毕竟不同，所以他也很难自圆其说，自然也就无法弥合朱熹在理气关系上的矛盾。曹端之学以躬行实践为主，以存静为要。所谓静并不是不动，而是“不妄动”，所以说“无欲而静”。人只要有欲，心中便千头万绪，如果无欲，即使是动也仍然是静。但要做到无欲，他认为只须在心上下工夫，主张“深思而实体”，反对凭空论说。所以，他很重视讲求道德修养。从曹端的观点来看，他谨守宋儒绳墨的倾向是很明显的，但从他主静的观点看，也有对心的探求。