民办教育改革是教育体制改革中的重点，也是难点。对民办教育的管理涉及教育、发改、税务、人社等十多个政府部门。但对民办教育的管理中，这些部门之间责任区分并不清晰，权力划分也缺乏界限。例如，按照现行法律的规定，设立民办学校必须符合《中华人民共和国教育法》和《中华人民共和国民办教育促进法》中的必要条件，还需要获得教育部门颁发的办学许可证，并在民政部门进行法人登记之后才算成立，因此，县级以上的教育行政机关和民政部门分别是民办学校的业务主管和登记主管。而对比《民办非企业单位登记管理暂行条例》第十九条和第二十条的规定可以发现，登记机关和教育部门的监管职责存在很多交叉重叠，不仅民办学校的成立、变更以及注销和年检均需由教育部门预先审查后再由民政部门进行复审，而且教育部门和民政部门在查处民办学校违法行为时职责界限也十分模糊。[17]这种多部门管理难免会出现相互推诿的现象，甚至出现监管不到位的情况。因此，对民办教育的管理应该区分管理责任，明确各部门的管理任务，划清界限，通力合作才能更好地为民办教育服务。《中央有关部门贯彻实施〈国务院关于鼓励社会力量兴办教育促进民办教育健康发展的若干意见〉任务分工方案》的通知，明确了民办教育管理中各部门的不同任务与责任，这是为切实解决民办教育管理中的这一难题而颁布的。同时，除了分清任务之外，还需要增强民办教育管理的系统性、整体性、协同性，坚持顶层设计与基层创新相结合，统筹教育、登记、财政、土地、收费等相关政策，形成合力，营造有利于民办教育发展的制度环境。2017年8月，国务院同意建立由教育部牵头的民办教育工作部际联席会议制度。从各地出台的政策来看，改革创新这一理念已经深入人心。