11月22日，在资政院会议上，又是议员易宗夔首先发难，认为关于云南与广西两案的谕旨两道均由军机大臣所拟并副署，故军机大臣“有应负之责任”，军机大臣把立法机关所议决的案子交行政衙门去察核，“是侵资政院的权，违资政院的法”，资政院应按照院章第二十一条上奏弹劾军机大臣。议员陶镕、陶峻、罗杰、王佐良、牟琳、江辛、郑际平、于邦华、籍忠寅、雷奋、许鼎霖、刘春霖、李榘等人相继发言，也都表示要弹劾军机大臣。接着，政府特派员李家驹代表军机大臣进行解释说明，认为关于云南与广西议的两道谕旨并不是对资政院具奏的最后裁夺，其实只是要求盐政处与民政部察核那两件事是否符合有关章程，“民政部、盐政处具奏后，必另有一道谕旨以裁夺资政院具奏的案”。但议员们并不满意。易宗夔、吴赐龄、陶镕、汪龙光、黎尚雯、陶峻、籍忠寅、雷奋等人又纷纷质问李家驹，终使李家驹无言以对。随后表决，到会134名议员中有112人赞成，以绝对多数通过了弹劾军机大臣案。最后由议长指定赵炳麟、沈林一、邵羲、籍忠寅、李文熙、孟昭常6人为起草员，具体负责起草具奏折稿。
11月25日，清廷就云南与广西两案发布两道新的谕旨，表示均依资政院所议办理。这便使资政院议员对于是否还要弹劾军机大臣的问题发生分歧，“一方主弹劾，一方反之”，双方争论不已。结果还是主张弹劾的一方占了上风，多数议员认为两次谕旨前后反复，“可见军机大臣反复弄权，目无君上”，仍然主张以“不负责任”为议题具奏弹劾军机大臣，并由议长重新指定邵羲、孟昭常、李文熙、籍忠寅、易宗夔、顾栋臣六人为折稿起草员。12月18日，资政院正式具折上奏，指责军机大臣只知保持禄位，“受禄则惟恐其或后，受责则惟恐其独先”，而根本没有负起其应负的责任，“徒有参预国务之名，毫无辅弼行政之实”，主张迅速成立责任内阁，在此之前应“明降谕旨，将军机大臣必应担负责任之处宣示天下，俾无诿卸”。当天，军机大臣也奏请全体辞职。清廷同时发布两道谕旨：一面挽留军机大臣，认为“该大臣等尽心辅弼，朝廷自能洞鉴”，所请“著不准行”；一面斥责资政院，认为“设官制禄及黜陟百司之权，为朝廷大权，载在先朝钦定宪法大纲，是军机大臣负责任与不负责任暨设立责任内阁事宜，朝廷自有权衡，非该院总裁等所得擅预，所请著毋庸议”。